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1、選擇流動相時應注意的幾個問題：
盡量使用高純度試劑作流動相，防止微量雜質長期累積損壞色譜柱和使檢測器噪聲增加。
避免流動相與固定相發生作用而使柱效下降或損壞柱子。
試樣在流動相中應有適宜的溶解度，防止產生沉淀并在柱中沉積。
流動相同時還應滿足檢測器的要求。當使用紫外檢測器時，流動相不應有較強的紫外吸收，一般檢測波長應大于流動相的截止波長。
2、泵的維護保養：
防止任何固體微粒進入泵體，否則會磨損柱塞、密封環缸體和單向閥，因此應預先對流動相進行過濾，可采用Millipore濾膜(0．22μm或 0．45μm )等過濾。泵的入口都應該連接砂濾棒(或片)， 輸液泵的濾器應經常更換。
流動相不應含有任何腐蝕性物質， 含有緩沖液的流動相不應保留在泵內， 尤其是停泵過夜或更長時間。分析工作結束后必須用純水充分清洗后，再換成適合于色譜柱保存和有利于泵維護的溶劑(對于反相鍵合固定相，可以是甲醇或甲醇和水)
泵工作時要留心防止溶劑瓶內的流動相用完，否則空泵運轉也會磨損柱塞、密封環或缸體，終產生漏液。
輸液泵的工作壓力不要超過規定的高壓力，否則會使高壓密封環變形，產生漏液。
3、紫外檢測器維護保養：
流通池進入氣泡會干擾基線，并極難排出，應使用充分脫氣的流動相，以減少氣泡的產生。
應定期沖洗系統，避免流通池干涸。
檢測器中氘燈( 光源) 隨著使用時間的增加，氘燈強度降低，噪音會不斷增大，故分析前柱平衡得差不多時，再打開檢測器，分析工作結束及時關閉檢測器（頻繁開關檢測器也會縮短檢測器壽命，一般開啟間隔少于4小時，不建議關閉檢測器）。
塵埃在靜電的作用下容易覆蓋在光學元件上， 使光傳播效率降低，增加了光散射， 影響分析效果， 因此檢測器周圍的環境應保持清潔。
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